在电渗析设备的设计和运行中，应考虑防止极化和有效除垢等问题。合理选择电渗析电流密度可以有效地防止极化降低电流效率和结垢。工作电流原则上应低于极限电流。工作电流的选择还应与原水的含盐量、离子组成、流速和温度相结合。如果原水为碳酸盐水质，可选择较高的工作电流。 电渗析温度对电渗析设备的性能有重要影响。温度的升高，水中离子输送速度的增加，以及膜和溶液的阻力的降低，将会增加除盐量，增加除盐速率，提高淡水水质。实践证明，水温在以内。通过增加1°c,电渗析设备的脱盐率可以增加约1度。因此，在条件允许的情况下，可以利用废热适当地提高水温，以提高水的质量和数量。为了使电透析安全运作，不使操作效果差，入口温度应在以内。
一般来说，原水含盐量高，可以选择大电流密度。在一定的除盐量和水质条件下，使用大电流密度可以减少电渗析设备，降低成本，但增加日常运行电费。在使用小电流密度的情况下，降低了日常运行电费，但必须选择较大的电渗析设备，增加成本。电流密度最小化成本和每日运行电费的总和，称为经济电流密度（或*电流密度）。极限电流密度和经济电流密度不一定相等。如果它们不同，则应选择较低的值。
